一般來說，一個涉密項目從開始到結束要經歷項目確定（定密）、項目招投標、項目實施、項目運維等四個階段。對于普通涉密集成資質單位，主要涉及中間兩個階段。

涉密項目的招投標主要采用邀請招標、競爭性談判、詢價和單一來源采購等形式。既保證國家秘密的安全，也充分發揮市場競爭機制的作用，達到有效競爭，控制涉密項目的建設成本的目的。對于資質單位，在招投標階段主要做的工作如下。

首先，從公司涉密人員中篩選合適的人員，組成投標工作小組。對投標小組進行保密教育培訓，落實保密責任，責任到人。

其次，配合項目建設單位做好對本公司的各項考察工作。

第三，與招標單位簽訂保密責任書，明確承擔的保密義務與責任。

第四，在投標文件中編制詳細的項目全周期的保密方案。

最后，如果中標，要注意在簽訂項目合同后30天以內，到涉密項目所在地省級保密行政管理部門備案，接受保密監督管理。

在項目實施階段，資質單位主要工作流程是組建項目組、制定保密工作方案和項目實施方案、項目現場實施、項目驗收。項目組組建工作是由涉密業務負責人根據項目的業務和密級要求，選擇適當的涉密人員，經人力資源部門審查、教育培訓并簽訂保密承諾書，最后保密辦對參與項目的各類人員進行登記備案。然后項目經理根據項目的實際情況組織相關人員制訂保密工作方案及項目實施方案，并提交項目建設方審核。保密工作方案及項目實施方案審核通過后，即可進行項目實施。

項目實施過程中要注意項目經理必須參加項目建設方組織召開的項目工作會議，另外，項目組在項目實施過程中至少進行一次保密管理自查工作，公司保密辦在項目實施期間也至少進行一次保密檢查工作。項目竣工前，項目經理應組織項目組相關人員共同編制驗收文檔，整理匯總各種技術文檔，并按照文檔的密級進行相應的保密管理。項目實施最后的工作流程就是項目驗收并向項目建設方移交相關文檔資料。

按照《涉密信息系統集成資質管理辦法》，只有取得總體集成業務種類許可，才可以從事所承建系統的運行維護業務。因此，如果資質單位不是總體集成資質，就與所承建系統的運行維護工作無緣了。

最后要說的是，按照《涉密信息系統集成資質保密要求》，涉密集成項目的設計方案、研發成果及有關建設情況，資質單位不得擅自公開發表、交流或者轉讓。另外，如果要利用涉密集成項目成果申請專利，應當嚴格遵守有關保密規定。